法艦乘勝進攻，奪了船塢，毀了船廠，復破了福州炮台，占領澎湖各島。廷旨令左宗棠飛速赴閩，與故陝甘總督楊岳斌，幫辦閩省軍務，調曾國荃就江督任，續辦江防。左宗棠到閩後，奉旨查辦張佩綸，佩綸已由督撫訪尋，在彭田鄉覓著，疇昔豪氣，索然而盡，只有筆底下卻還來得，草了一篇奏牘，自請處分。內中有『格于洋例，不能先發制人，狃於陸居，不能登舟共命』等語。巧於脫卸。左宗棠憐他是個名士，也爲他洗刷回護。大約是惺惺惜惺惺。清廷以佩綸罪無可逃，責左宗棠袒護罪員，甘陷惡習，著傳旨申斥。佩綸逮京治罪，充戍黑龍江完案。
馬江方報敗仗，諒山又聞失守，鎮南關守將楊玉科陣亡。慈禧不禁震怒，把統兵的大員，議處的議處，鐫級的鐫級，並有一道罷免恭王的懿旨，亦蟬聯而下，處心積慮久矣。立言頗極微妙，今錄述如下：
欽奉慈禧康頤昭豫莊誠皇太后懿旨：
現值國家元氣未充，時艱猶巨，政多叢脞，民未敉安。內外事務，必須得人而理，而軍機處實爲內外用人行政之樞紐，恭親王弈
